三危山与鸣沙山东西相对，大泉河蜿蜒而来，纵贯南北；两岸杨树成林，参差扶疏；山岩上洞窟高下，密如蜂房；道路一尘不染，游人井然有序，一切都显得整洁清新，这就是蜚声世界的艺术宝库——敦煌莫高窟。
美国盖蒂研究所副所长阿根纽先生认为，莫高窟的保护世界一流。这得益于莫高窟有一个工作出色的专业研究保护机构——敦煌研究院，几十年来，三代人薪火相传，恪尽职守，出现过常书鸿、段文杰这样的“敦煌守护神”。
甘肃省副省长李重庵认为，在莫高窟保护工作中，政府起了极重要的作用，各级政府对莫高窟保护都十分重视，在政策、资金等方面给予全力支持。国家拨巨额用于莫高窟保护和基础设施建设及敦煌研究院的建设，同时，遵守文物保护规律，坚持不搞假文物，不破坏环境。敦煌研究院原址在莫高窟前，为保护莫高窟环境，迁出大门之外。
在文物保护工作中，他们注意运用现代先进技术。莫高窟开凿在砂岩上，受风雨侵蚀极易崩塌，从日本留学归国的研究院副院长李最雄博士研究成功用PS加固岩体的加固方法，现已被广泛应用于莫高窟和榆林窟岩体表面喷涂，效果良好。
利用莫高窟的世界影响，积极开展国际合作，吸收外国先进保护技术和资金。研究院正在与美国有关机构开展壁画保护方面的技术合作；一座由日本赠款的展览中心也已竣工布展。
旅游业的发展对文物保护的影响是一个世界性的问题。面对游人日益增多对文物保护带来的沉重压力，研究院一方面对文物进行严格监控，同时采取控制人数、增加景点、轮流休窟、洞窟仿制，以分流游人，减轻文物保护的压力。
然而，莫高窟壁画雕塑年龄最大者已有1600多年，最小的也有六七百年，无情的岁月，使许多文物老态龙钟，一身疾患；再加上游人日益增多，人满为患，甘肃省文物局副局长贾若楠说，近年来旅游旺季，莫高窟每天超过数千人次，给空间狭小的洞窟带入大量微生物、二氧化碳、水汽及释放出的热量，对壁画、雕塑带来不可抗拒的损害；还有噪音、震动等都对脆弱的文物造成威胁。如今，有近一半的壁画患有褪色、起甲、酥碱、膨胀等病害，特别是酥碱，一旦引发塌落，破坏是毁灭性的。敦煌研究院院长樊锦诗还提出，敦煌机场距莫高窟太近，一则影响景观，二则一旦飞机失事，撞到莫高窟，后果严重；而且飞机噪声也对洞窟造成震动。如今313国道又要穿过保护区，汽车尾气也将严重污染文物。在莫高窟附近的古墓葬保护区中近年有不少新坟混迹其间，有的甚至圈地预备作家族墓地；广告牌也矗立在保护区内，这些违反《文物法》和《广告法》的行为极大地破坏了莫高窟周围景观，如不制止，将会距莫高窟越来越近。最近又在三危山新建起一座36米高的人工大佛，这不仅违反国家有关规定，而且纯属劳民伤财，画蛇添足，毫无文物价值可言。
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